منبع پایان نامه درباره نرم افزار، توزیع شده

ctcaaagaat tcaggcctct tgctgctgct cagtggtcag attttggcag
841 gcaacttatt gttccctctc ttccttaggt tactggtatg gttcctgggg aggctcacaa
901 aggtgaagga gctgcggctc atgatcaaga atccagagga agtgcatttt ggtaatctgc
961 ttcctaggtt gccgactgtg tttctctcct cgacagccat tggccttgta gcagctgggg
1021 tcacaatgtt ctccgctgtt gattggaatt cttccgtgtt tgatggcctc agctcttatc
1081 agaaggctgt caatgcattc ttcatggtgg tgaatgcaag gcactcaggg gagaattcca
1141 tcgactgctc actcatgtca cccgccatta tagtactatt cattgtcatg atgtatttgc
1201 caccatcagc aacatttgca ccacctgatg gagatattaa aaccaccaat gagaacacga
1261 aagccaagag agggtcgttg gtgcaaaaat tggcattttc accactcggg tttaacatca
1321 tctttgtaat agttgcctgc atcactgaaa ggagaaggct cagaaatgat ccactcaact
1381 tctcaacctt aaacatgata ttcgaggtca tcagcgcata tggcaatgta gggttatcca
1441 ctggttacgg ttgttctagg ctgcatcagc tgcacccaga gatcatctgc caggacaagc
1501 catacagctt ttctggatgg tggagtgacg gagggaagtt tgtgctaatc ttggccatgc
1561 tctatggaag gcttaaggcc ttcacgatga ccatgggtaa atcctggaaa gtatgataca
1621 agtgaccaag attacttgga aaggcaaatg taccaaattg gtacagctat cactagtgta
1681 ctgcctgaag aatcaggttt ctaattgggt tatagtttgt ggatgttgcg cttgcaagga
1741 caagcttcag tttccctgat caaagtcctc tttgcatttg gcagtcatca tcaacgtttt
1801 gggtaccgcc cgagaaaaac ggttaccggg cggtaaccgc gtttcccgcc gcccccgaga
1861 aagatgtatt ccgagcaaaa aattccaaat tttttgaact tcttgaattt aaaaaaaaaa
1921 aaaaa
شکل 3- 1 توالی نوکلئوتیدی قطعه کامل ژن HKT1 و توالی بخش بیان شده این ژن که به صورت رنگی نمایش داده شده است.
جدول 3- 1 مشخصات انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن HKT1
کل تعداد بازهای موتانت
تعداد مکان ژنی حامل موتاسیون
تعداد موتاسیون تبدیل حالت هموزیگوس به هتروزیگوس
تعداد موتاسیون هموزیگوت
تعداد موتاسیون هموزیگوت در منطقه کد کننده ژن
کل تعداد بازهای آنالیز شده ژن HKT1 در 96 ژنوتیپ
4021 باز
1575 مکان
167 مورد
2554 مورد
355 مورد
224258 باز
3- 2 آنالیز قطعه کامل ژن CBL4
قطعه تکثیری ژن CBL4 به طول bp 2333 و bp 1298 از آن بخش بیان شده ژن و bp659 از آن منطقه اگزونی است. شکل 3- 2 توالی نوکلئوتیدی این قطعه ژنی را نشان میدهد که در آن، مناطق اگزونی به صورت رنگی نمایش داده شدهاند. در این قطعه ژنی بر خلاف قطعه بیان شده ژن HKT1، که به صورت یک کانتیگ یکپارچه از مناطق اگزونی و فاقد اینترون بوده است (شکل 3- 1)، مناطق بیان شده ژن شامل اگزون و اینترون میباشد. توالی نوکلئوتیدی چهار قطعه تکثیری ازاین ژن در هر ژنوتیپ به کمک نرم افزار CodonCode Aligener با یکدیگر ترکیب شده و یک توالی ترکیبی که متعلق که به کل بخش بیان شده این ژن در آن ژنوتیپ بود به دست آمد. پس از مقایسه توالیهای ترکیبی 96 ژنوتیپ آزمایشی به کمک این نرم افزار، کل بخش بیان شده این ژن به هفت کانتیگ تقسیم شده و هر کانتیگ شامل مناطق اینترونی و اگزونی بوده است. این کانتیگها از نظر دارا بودن انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی مورد بررسی و آنالیز قرار گرفتند. مشخصات موتاسیونهایی که حاصل آنالیز توالیها با این نرم افزار بوده در جدول 3- 2 نشان داده شده است.
1 aggaccaaag ggagagccgt gtcgccgacg acgaccgacg gacagacgga gcagccggcc
61 caaagatcct cttattcccc cttccttgcc ggttccggcc aaagcaccac cgcagacggc
121 ggggtttggt actccctact cgttcgtctt cgcctcaggt cagtcggatt gcttgctgtt
181 tccggtttcg tggtgctgcg tttgcgtgtc gcgtcggagc ctgatggatg ggtggttgtg
241 tttctgttag cgtcaacgcc tgtagagtgc ggagcttatt ctctcgccgg cgcggcgtgc
301 tcgatcggct tagcttccgc cggagccgga caagcaggca gcggatgggc tgcgtgtcgt
361 cgtcgccggg gcggtccagg cgcgcgccgg ggtacgagga cccggccgtc ctcgcctccc
421 agacctcctg tacgtctcgt caatccatac cactccttga tttcctctct gctacctcaa
481 ctgaatggaa gctcgtgttg cattgcgtgc gcgtggttgc agtcacggtg aacgaggtcg
541 aggcgctcta cgagctctac aagaagctca gctactccat cttcaaagac ggcctcatcc
601 acaaggtagc ctccacgacc gccatggatc catgcatctt caaagactgc gcccctcaac
661 tcatctcatc tcatctgtgt ggttggttcg tccccaggag gagttccagc tcgctttgtt
721 caggaccagc aaagggccga gcctgttcgc cgacagggtg ttcgacctct tcgatctcaa
781 gcggaacggc gtcatcgagt tcggcgagtt tgtgcgctcg ctcagcatct tccaccccaa
841 agctcctgaa tcggacaagg ccgcgtgtat gcctccatgc ctctcgtata atcgtctttt
901 tcctgtccat tcgtcgtctt tgctcagcaa aaatcaccat ctctggtttg tcactatgct
961 taattctata tatagttgct gtccttattc gtcaccatcc cactttgtag ttgcattcaa
1021 gttgtacgat ttgaggggga caggctacat cgagaaagaa gaggtactac tactgaataa
1081 gtttgcacct tatatatttg cactgtccat gagctatgcc gatgaacttc ggttaactga
1141 ttgcatcact tgttgttgac acgcacagct tcgggagttg gtggtggcac tcctcgacga
1201 gtccgacctg tgcctctccg atagcgccgt tgaggagatc gtcgacaatg tatgtgacca
1261 acaagataga tagataattg tctcctactc cctcctttcc taaatataag tcttttaaaa
1321 gatttcatta aatgtctacc tacggagcaa aaagaatgaa tctatacttt taaatatgtc
1381 tatatacatc cgtatgtagt ctattagtga aacctctaga aagacttata tttaggaacg
1441 gaggaagtag tatttattca gtctctctcc tttgctgctc tgctaacatg tcctgtgtgc
1501 tctgctcctt ttggaatttc agacgttcag tcaagcagac tcgaatggcg atgacaggat
1561 agaccccaag gagtgggagg agttcgtcaa gaagaaccca gcatcgctca ggaacatgtc
1621 actgccctat cttcagtgag tacttatctg ccgctgcact ctgcttctca ggctttccta
1681 gttctttacg cttctccttt ttgggtggat agtctataac tctatataac acacttggag
1741 ctcttcttct gatacacaaa cgccatatgt gaactagaga gcagtagaga tcttcatttg
1801 cttttgccct ttaccacatt tgtaagtgat ctgactgctg ctgtgggtga tgttgtttgc
1861 tcagggacat tacgacggcg tttccgagct tcgtgatgca ttcggaagtc gacgattaca
1921 gcggaatcag caaataataa cttgccttga tgccttatga tctgtcccgg gaggccatgc
1981 gttcagaagt gcgtgagctg cacctcgaaa atccggagct cgaacggggg gagaaaacac
2041 gggaatcaat ctgggagcag ctggtgagct tgagacgatg accagataga caacgacttc
2101 ttgttgatgc gagatgggcg tcagactatg agaaaggggc tgtgtacggt gtacctacgt
2161 caagtgtgca tagaggttgt cgaaacacgg agcagtgacg agcggttttg gtcattttgg
2221 ctgttgggca ctgttactag cttcgtatct tttggcttat gaggggcaac ctcctgtagg
2281 tatggtaaaa tgccagagga tgtatgttgt ttctttagtt gcttcgatgc atc
شکل 3- 2 توالی نوکلئوتیدی قطعه ژنی ژن CBL4 که در آن مناطق اگزونی به صورت رنگی نمایش داده شدهاند.
در جدول 3- 2 تعداد کل بازهای آنالیز شده در هفت کانتیگ قطعه تکثیری ژن CBL4 در کلیه ژنوتیپهای آزمایشی به تفکیک کانتیگها ذکر شده است. همچنین تعداد بازهایی که در هر کانتیگ دچار موتاسیون شده و نیز تعداد موتاسیونهایی که در منطقه کد کننده ژن به وقوع پیوستهاند، ارائه شده است. مطابق نتایج این جدول، کانتیگ اول دارای بیشترین تعداد نوکلئوتید موتانت و کانتیگ هفتم دارای کمترین تعداد میباشد. اما تعداد موتاسیونهایی که در منطقه کد کننده ژن اتفاق افتادهاند در کانتیگ دوم بیش از کانتیگهای دیگر بوده است.
جدول 3- 2 مشخصات انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن CBL4
شماره کانتیگ
کل تعداد باز
موتانت
تعداد موتاسیون هموزیگوت در منطقه کد کننده ژن
کل تعداد بازهای آنالیز شده
ژن HKT1 در 96 ژنوتیپ
1
6758
705
70367
2
6347
1101
36535
3
4788
653
33243
4
3196
567
26538
5
4695
821
26087
6
4021
596
22436
7
232
2
4418
3- 3 تخمین فراوانی نسبی SNP
نتایج آنالیز توالی نوکلئوتیدی ژن HKT1 در 96 ژنوتیپ جوی مورد مطالعه نشان داد که تعداد کل بازهای موتانت در این ژن، 4021 باز از مجموع 224258 باز آنالیز شده بوده است (جدول 3- 1). بنابراین فراوانی نسبی SNP در این ژن، SNPs/Kb 9/17 محاسبه گردیده است. در ژن CBL4، فراوانی نسبی SNP برای هر کانتیگ مطابق دادههای جدول 3- 2 محاسبه شده است. لذا، فراوانی نسبی SNP در این کانتیگها به ترتیب شامل SNP/kb 96 در کانتیگ اول، SNP/kb 176 در کانتیگ دوم، SNP/kb 145 در کانتیگ سوم، SNP/kb 123 در کانتیگ چهارم، SNP/kb 181 در کانتیگ پنجم، SNP/kb 183 درکانتیگ ششم، و SNP/kb 58 درکانتیگ هفتم بوده است. مقدار متوسط فراوانی نسبی SNP در کلیه کانتیگهای این ژن، SNP/kb 137 تخمین زده شد.
استفاده از میانگین تعداد SNP معیار مناسبی برای محاسبه فراوانی نسبی آن خواهد بود. اما اگر میزان تنوع در بخشهای مختلف توالی مورد نظر بسیار متفاوت باشد این فراوانی باید برای هر کانتیگ به طور جداگانه محاسبه گردد تا میزان انحراف آن از مقدار واقعی به حداقل تقلیل یابد (52). محققان اظهار داشتند که فراوانی SNP و فراوانی نسبی SNP تحت تأثیر طول کانتیگ و توالی آن قرار میگیرد (52). همچنین هر چه تعداد کانتیگهای مورد بررسی و طول آنها بیشتر باشد فراوانی نسبی محاسبه شده قابل اعتمادتر خواهد بود. در مطالعه حاضر، SNPها در طول قطعه تکثیری ژن HKT1، که به صورت یک کانتیگ یکپارچه از منطقه اگزونی و فاقد اینترون میباشد، به طور تقریباً یکنواخت توزیع شده اند. لذا فراوانی نسبی SNP در این ژن بر اساس میانگین تعداد SNPها با توجه به طول قطعه محاسبه گردید. اما در ژن CBL4، قطعه کامل ژن پس از ترکیب قطعات تکثیری حاصل از چهار پرایمر به هفت کانتیگ تقسیم شده و هر کانتیگ دارای مناطق اگزونی و اینترونی بوده است. همچنین، طول هر کانتیگ و تعداد SNPها در هر کانتیگ (جدول 3- 2) تفاوت زیادی با سایر کانتیگها داشته است. بنابراین، فراوانی نسبی SNP در این ژن برای هر کانتیگ به طور مجزا محاسبه گردید. با مقایسه فراوانی نسبی SNP در ژن CBL4 و ژن HKT1 مشخص گردید که نرخ موتاسیون تک نوکلئوتیدی در ژن CBL4 تقریباً 5/7 برابر میزان آن در ژن HKT1 بوده است. با مشاهده تفاوت زیاد تعداد موتاسیون در این دو ژن استنباط میگردد که مناطق تکثیری ژن HKT1 از نظر ژنتیکی بسیار یکنواختتر از مناطق تکثیری ژن CBL4 بودهاند و این احتمالاً به دلیل تأثیر کمتر عوامل جهشزای طبیعی و یا شدت بیشتر انتخاب روی این ژن بوده که باعث ایجاد تنوع کمتری شده است. دلیل دیگر برای اثبات این امر درخت فیلوژنی ژن HKT1 است که در آن، فاصله بین ژنوتیپها کم بوده و اکثر ژنوتیپها به وسیله زیر گروههای ژنتیکی از هم مجزا شدهاند و تعداد اندکی گروه اصلی و تعداد زیادی گروه فرعی برای طبقهبندی ژنوتیپهای مورد مطالعه استفاده قرار گرفت. در حالی که در ژن CBL4 برای هر کانتیگ یک درخت فیلوژنی مجزا ترسیم شده است.
مطابق اطلاعات حاصل از پایگاه دادههای SNP در غلات (http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com) تاکنون 454989 توالی از جو در قالب 25674 کانتیگ در این پایگاه به ثبت رسیده و تعداد SNPهای آن 29447 مورد بوده است. فراوانی SNP در این پایگاه SNP/bp 240 گزارش شده است. همچنین

مطلب مرتبط با این موضوع :  منبع پایان نامه ارشد دربارهکتابخانه ها، کنترل هوشمند، ابزار ارتباط

دیدگاهتان را بنویسید