منبع پایان نامه درباره طبقه بندی، ISO

ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
10
IBYT11_INC
Clipper/Giza127
2
*23
Iran_11_INC
YEA389-3/YEA475-4/4/Hma-02//110122/CM67/3/Marageh
3
35
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
4
48
Iran_11_INC
Plaisant/Radical//Alanda
5
67
Iran_11_INC
Sadik-06/GkOmega
6
6
Salinity_Libya10
M126/CM67//As/Pro/3/Alanda
7
72
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita
ادامه جدول 3- 9
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
8
75
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Antares/Ky63-1294/3/CWB117-77-9-7//Hml-02/ArabiAbiad*2
9
82
Iran_11_INC
Rhn-03/Osiris
10
42
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir010/Sahara
11
78
Iran_11_INC
K-334/Sararood-1
12
43
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir-010/Sahara-3768
13
8
INBYT11_INC
Aths/Lignee686//Orge905/Cr289-53-2/3/F6NB_7
14
90
WPARE10
Gloria-Bar/Come-B//Esperanza/3/Mpyt169-1Y/Laurel//Olmo/4/Shyri
درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم دارای 10 شاخه اصلی و 3 شاخه فرعی است (شکل 3- 6). چهارده ژنوتیپ در این درخت فیلوژنی گروهبندی شدهاند که یازده تا از آنها ژنوتیپهای ایرانی هستند (جدول 3- 10). فاصله ژنتیکی بین شاخههای اصلی کم است. چهار ژنوتیپ شماره 52، 58، 7 و 29 به عنوان شاخههای فرعی گروه اصلی هفتم طبقهبندی شدهاند. با مراجعه به جدول فوق مشاهده می گردد که ژنوتیپ شماره 7 یک ژنوتیپ مقاوم به شوری و متعلق به کشور لیبی است و سه ژنوتیپ دیگر، ایرانی میباشند. بنابراین میتوان نتیجهگیری کرد که فاصله ژنتیکی بین آنها بسیار کم بوده و از نظر فنوتیپی دارای سطوح مشابهی از مقاومت به شوری هستند. با توجه به کم بودن فاصله ژنتیکی بین این گروه اصلی با سایر گروهها وجود سطوح مشابهی از مقاومت به شوری در آن گروهها نیز محتمل است. مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم در جدول 3- 11 آورده شده است.
شکل 3-6 درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم
مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم در جدول 3- 10 ارائه شده است.
جدول 3-10 مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
22
Iran_11_INC
YEA389-3/YEA475-4/4/Hma-02//11012-2/CM67/3/Marageh
2
69
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita(ICB00-1766-1AP-0AP-2AP-0AP)
3
71
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita (ICB00-1766-1AP-0AP-8AP-0AP)
4
80
Iran_11_INC
K-334/Sararood-1
5
60
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
6
64
Iran_11_INC
Sadik-05//Sls/Bda
7
96
WPARE10
L00-64
8
52
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
9
58
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
10
7
Salinity_Libya10
Giza_125
11
29
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
12
34
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
13
95
WPARE10
Dobrunya
14
31
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم شامل 4 شاخه اصلی است (شکل 3- 7). شاخه اصلی اول از دو ژنوتیپ خارجی تشکیل شده است (جدول 3- 11). شاخه اصلی دوم دارای 7 شاخه فرعی میباشد که مجموعهای از شاخه اصلی اول و شش شاخه فرعی دیگر میباشد. هر یک از شاخههای اصلی سوم و چهارم نیز متشکل از شاخه اصلی ماقبل خود به اضافه یک ژنوتیپ جدید میباشند. همانند کانتیگهای اول تا سوم، اکثر ژنوتیپها در این گروهبندی ایرانی هستند. دو ژنوتیپ شماره 4 و 2 ارقام مقاوم به شوری و متعلق به کشور لیبی هستند اما در دو گروه اصلی مستقل (گروه اصلی اول و یازدهم) طبقهبندی شدهاند.
شکل 3- 7 درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم در جدول 3- 11 آورده شده است.
جدول 3-11 مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
17
IBYT11_INC
Clipper/Volla/3/Arr/Esp//Alger/Ceres362-1-1/4/Hml/5/Limon/Bichy2000
2
4
Salinity_Libya10
Misratch
3
41
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir-010/Sahara-3768
4
50
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
5
53
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
6
74
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Antares/Ky63-1294/3/CWB117-77-9-7//Hml-02/ArabiAbiad*2
7
54
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
8
11
IBYT11_INC
(Lignee527/Aths//Lignee527/NK1272/3/Alanda/CI16155//Alanda-01/Hamra)*2
9
*55
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
ادامه جدول 3-11
10
45
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/4/CWB117-5-9-5/3/Roho/Mazurka//ICB-103020
11
2
Salinity_Libya10
ICB_119152
درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم الگویی دقیقاً مشابه درخت فیلوژنی این ژن در کانتیگ چهارم دارد (شکل 3-8). تفاوت عمده این دو درخت فیلوژنی این است که در کانتیگ چهارم شاخه اصلی اول متشکل از دو ژنوتیپ خارجی و در کانتیگ پنجم متشکل از دو ژنوتیپ ایرانی است (جدولهای شماره 3-11 و 3- 12). فاصله ژنتیکی بین شاخههای اصلی بسیار کم میباشد زیرا اکثر ژنوتیپهای تشکیل دهنده این درخت فیلوژنی ایرانی هستند.
شکل 3- 8 درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
شکل 3- 8 درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم در جدول 3- 12 ارائه شده است.
جدول 3-12 مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
36
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
2
46
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/4/CWB117-5-9-5/3/Roho/Mazurka//ICB-103020
3
44
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/CWB117-77-9-7//Alpha/Durra
4
9
INBYT11_INC
Alanda-01/4/ALISO/CI3909.2//FALCON-BAR/3/HIGO
5
21
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
6
39
Iran_11_INC
Roho//Alger/Ceres362-1-1/3/Alpha/Durra/4/Tokak
7
61
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/5/Zarjau/4/Rhn 05/3/Apm/HC1905//Robu
8
15
IBYT11_INC
SLB39-05/4/7028/2759/3/69-82//Ds/Apro
9
19
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
10
47
Iran_11_INC
ChiCm/An57//Albert/3/ICB-102379/4/GkOmega/5/Moroc-9-73/ArabiAswad
11
30
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم از پنج ژنوتیپ ایرانی و 4 ژنوتیپ خارجی تشکیل شده است (جدول 3- 13) که در 8 شاخه اصلی طبقه بندی شدهاند (شکل 3- 13). همه شاخههای اصلی به استثنای شاخه اصلی اول، متشکل از شاخه اصلی ماقبل خود و یک ژنوتیپ جدید میباشند. فاصله ژنتیکی بین شاخههای اصلی کم است و شاخه اصلی نهم زیر مجموعهای از همه ژنوتیپها است. این بدین معنی است که ارتباط ژنتیکی نزدیکی از نظر دارا بودن ژن CBL4 بین این ژنوتیپها وجود دارد.
کانتیگ هفتم از ژن CBL4 شامل دو ژنوتیپ بوده و امکان ترسیم درخت فیلوژنی برای آن وجود نداشته است.
شکل 3- 9 درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم
مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم در جدول 3- 13 نشان داده شده است.
جدول 3-13 مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
16
IBYT11_INC
Roho/ArabiAbiad/4/Zanbaka/3/ER/Apm//Lignee131
2
18
Iran_11_INC
Moroc-9-73/A.Aswad
3
20
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
4
12
IBYT11_INC
Alanda//Lignee527/Arar/3/Asal
5
32
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Pamir-160/3/Tokak
6
28
Iran_11_INC
CWB117-5-9-5/Sonata//Sararood/3/Aday-5
7
76
Iran_11_INC
3896/1-3/4/1246/1-3/3/3887/28//3892/1-3/5/Grivita/6/Antares/Ky63-1294//Marageh
8
89
WPARE10
Ardak/3/Alpha/Durra//CWB117-77-9-7
9
85
WPARE10
Uzno-Kazakastan
همان گونه که قبلاً ذکر گردید مبنای تشکیل درخت فیلوژنی در این آزمایش میزان همولوژی ژنهای مورد مطالعه بوده است. هرچه مقدار همولوژی مناطق ژنی مورد مطالعه بین ژنوتیپها بیشتر بوده، آنها در گروههای نزدیک به هم یا در یک زیرگروه طبقهبندی شدهاند و با کاهش همولوژی، فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپها افزایش یافته و آنها در گروههای مستقلی گروهبندی شدهاند. بر این اساس تأثیر همه انواع پلیمورفیسمهای نوکلئوتیدی از جمله حذف و اضافه و تکرار نوکلئوتیدی و نیز انواع موتاسیونهای همگن و غیر همگن در ایجاد تنوع، آنالیز و بررسی گردید. تعداد زیاد انواع موتاسیون نوکلئوتیدی در ژن CBL4 در مقایسه با ژن HKT1 (5/7 برابر) با مقایسه درخت فیلوژنی این دو ژن نیز قابل تفسیر و تأیید میباشد. زیرا ژن HKT1 دارای یک کانتیگ پیوسته فاقد اینترون در منطقه اگزونی بوده و گروهبندی ژنوتیپهای آزمایشی برای این ژن به صورت یک درخت فیلوژنی با تعداد کمی شاخه اصلی و تعداد زیادی شاخه فرعی و زیر گروه بوده است. در حالی که گروهبندی ژنوتیپهای مورد مطالعه برای ژن CBL4 در هفت کانتیگ مجزا انجام گرفته و هر کانتیگ دارای مناطق اگزونی و اینترونی بوده است. تعداد زیاد کانتیگها نشان دهنده میزان زیاد تنوع نوکلئوتیدی در هر کانتیگ میباشد که دلایل احتمالی آن اثرات شدید انتخاب و سازگاری برای این ژن است. نتایج این مطالعه نشان داد که دستهبندی ارقام در گروههای اصلی و فرعی بر اساس قرابت ژنتیکی آنها بوده و مستقیماً تحت تأثیر منشأ ژنتیکی آنها قرار گرفته است. زیرا برخی ارقام علی رغم اینکه در کشورهای مختلف کشت میگردند به دلیل دارا بودن منشأ ژنتیکی مشترک در یک گروه اصلی یا فرعی قرار گرفتهاند (مانند بعضی ارقام ایرانی و ارقام متعلق به کشور لیبی). همچنین برخی ارقام ایرانی تنوع و فاصله ژنتیکی زیادی نسبت به هم نشان دادند و پس از بررسی منشأ ژنتیکی آنها مشخص گردید که دارای منشأ متفاوتی بودهاند. ارقام مورد مطالعه از نظر ژن HKT1 تنوع ژنتیکی کمتری با یکدیگر نشان داده و بر خلاف آن، از نظر ژن CBL4 دارای تنوع ژنتیکی بسیار زیادی بودند.
شبیر و همکاران (2011) فیلوژنی مرتبط با 20 توالی نوکلئوتیدی ژن OLR1 را در دو نژاد بوفالوی جعفر آبادی و سورتی براساس همولوژی مناطق ژنی موردآنالیز و بررسی قرار دادند. پاسکو و همکاران (2011) با استفاده از سه قطعه ژن هستهای، که احتمالاً از نظر تکاملی مستقل هستند، در 29 خانواده از ماکیانها به یک توپولوژی دست یافتند که با درخت تجمعی مولکولی تأیید گردید. آنها با استفاده از بازیابی توپولوژی، تأثیر نسبی حذف و اضافهها و جابجاییهای نوکلئوتیدی را ارزیابی کردند. آنها برای تعیین نقش حذف و اضافه نوکلئوتیدی در تفکیک فیلوژنی سه نوع آنالیز

مطلب مرتبط با این موضوع :  پایان نامه رایگان با موضوعپذیری، Percent، Valid

دیدگاهتان را بنویسید