منبع پایان نامه درباره ایرانی بودن، طبقه بندی، معنی داری

در این پایگاه ذکر گردیده که مقادیر گزارش شده از فراوانی نسبی SNP در جو توسط محققان دیگر کمتر از این مقدار بوده است به طوری که روستاکس، باندوک و هنری و باندوک به ترتیب مقادیر SNP/bp 200، SNP/bp 27 و SNP/bp 131 را گزارش نمودند. کِلهر و همکاران (2011) مقادیر SNPها را در 35 منطقه ژنی از چهار جمعیت وحشی Populus tremuloides Michx. تعیین نموده و فراوانی نسبی SNP را SNPs/Kb 18 تخمین زدند. آنها گزارش نمودند که SNPها مارکرهای مولکولی فراوان و مفیدی در این گیاه بوده و نتیجهگیری کردند که SNPهای دارای این مقدار فراوانی، مارکرهای مناسبی برای مطالعات ژنتیکی بعدی هستند.
3- 4 موتاسیونهای هموزیگوت در قطعات کامل توالی بیان شده ژنهای HKT1 و CBL4
در آنالیز قطعه کامل توالی بیان شده ژن HKT1، 2554 موتاسیون هموزیگوت یافت گردید که 355 تا از آن یعنی تقریباً 9/13% موتاسیونها در منطقه کد کننده ژن یا اگزون و بقیه در اینترون قرار گرفتهاند (جدول 3-1). تعداد موتاسیونهای هموزیگوت در ژن CBL4 برای هر کانتیگ به طور جداگانه گزارش شده است (جدول 3- 9). در کانتیگهای اول تا هفتم از این ژن به ترتیب، 10%، 17%، 6/13%، 7/17%، 5/17%، 8/14% و 9/0% از موتاسیونهای هموزیگوت در منطقه اگزون و بقیه آنها در اینترون واقع شدهاند. به عبارت دیگر متوسط فراوانی موتاسیونهای هموزیگوت در 7 کانتیگ 07/13% بوده است. مجموع تعداد موتاسیونهای هموزیگوت در مناطق کد کننده ژن CBL4 (4445 موتاسیون) نسبت به تعداد آن در ژن HKT1 (355 موتاسیون)، 5/12 برابر بوده است.
موتاسیونهای هموزیگوت موتاسیونهایی هستند که موجب تبدیل یک اسید آمینه به اسید آمینه دیگر میگردند. موتاسیونهای هموزیگوتی که در ناحیه اگزونی ژن واقع میگردند از نظر ژنتیکی دارای اهمیت بسیار زیادی هستند زیرا موجب تغییر محصول پروتئینی و در نتیجه تغییر عملکرد بیوشیمیایی ژن مربوط میشوند. این موتاسیونها نقش معنی داری در ایجاد تنوع ژنتیکی دارند. سینگ و همکاران (2010) با مطالعه ژن BADH1 در واریتهها و نژاد بومی برنج، SNP 17 در اینترون و SNP 3 در اگزون یافتند که هر سه SNP اگزونی موجب تغییردر آمینو اسید همراه با تغییر معنیدار عملکرد ژن گردیدند. به عبارت دیگر، صد در صد SNPهای اگزونی موجب تغییر عملکرد ژن شدهاند. این امر نشان دهنده نقش بسیار مهم و تعیین کننده آنها میباشد.
3-5 درخت فیلوژنی ژن HKT1
در این تحقیق، مبنای تشکیل درخت فیلوژنی تعداد اختلافات نوکلئوتیدی هر ژنوتیپ با سایر ژنوتیپها و با شاهد (رقم کلیپر، یک رقم مقاوم به شوری در جو) بوده است. این اختلافات شامل انواع تفاوتهای نوکلئوتیدی (از جمله حذف و اضافه، تکرار نوکلئوتید و …) ژنوتیپها در طول توالی مورد نظر ژنوم با در نظر گرفتن همه فاصلههای احتمالی بین آنها بوده است. به بیان دیگر ژنوتیپها بر اساس میزان همولوژی مناطق ژنی مورد نظر طبقه بندی شدهاند. درخت فیلوژنی ژن HKT1 برای 96 ژنوتیپ جوی مورد مطالعه در شکل 3-3 آورده شده است. این شکل نشان میدهد که ژنوتیپهای مورد آزمایش برای این ژن در تعداد کمی گروه اصلی و در تعداد زیادی شاخه فرعی قرار گرفتهاند. این درخت فیلوژنی نشان میدهد که ژنوتیپهای مورد مطالعه در 12 گروه اصلی و تعداد زیادی گروه فرعی قرار گرفتهاند. تعداد کم گروه اصلی و تعداد زیاد گروه فرعی نشان دهنده قرابت ژنتیکی زیاد میان ژنوتیپهای مورد بررسی میباشد. هیچ یک از ژنوتیپها به صورت کاملاً مجزا از سایر ژنوتیپها نبوده و همچنین ارتباط نزدیکی بین گروههای اصلی وجود دارد و هیچ کدام از گروههای اصلی نیز به صورت کاملاً مستقل از گروههای اصلی دیگر نبوده است. گروههایی که در پائین شکل قرار دارند دارای بیشترین تفاوت ژنتیکی با سایر گروهها میباشند. فراوانی نسبی پائین SNP در این ژن نیز میتواند دلیلی بر تعداد گروه اصلی و تعداد زیاد گروه فرعی در درخت فیلوژنی باشد. مشخصات ژنوتیپهایی که در این درخت فیلوژنی گروهبندی شدهاند در جدولهای 3- 3 تا 3- 7 آمده است.
درخت فیلوژنی ژن HKT1 (شکل 3- 3) نشان میدهد که بیش از نیمی از ژنوتیپهای مورد مطالعه (56 ژنوتیپ) در این آزمایش در گروه اصلی اول قرار گرفتهاند. تقریباً یک چهارم ژنوتیپها در این گروه اصلی خارجی و بقیه ژنوتیپها ایرانی بودند (جدول 3- 3).
شکل 3- 3 درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3- 3 مشخصات ژنوتیپهای شاخه اصلی اول در درخت فیلوژنی ژن HKT1
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
2
Salinity_Libya10
ICB_119152
2
41
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir-010/Sahara-3768
3
65
Iran_11_INC
Sadik-06/GkOmega
4
88
ICB00-2173-5AP-0AP
Ardak/3/Antares/Ky63-1294//Marageh
5
62
Iran_11_INC
Lignee131/ArabiAbiad//Alpha/Durra/3/Sararood-1
6
25
Iran_11_INC
Roho/Mazurka//ICB-103020/3/GkOmega/4/Sararood*2
7
51
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
8
23
Iran_11_INC
YEA389-3/YEA475-4/4/Hma-02//110122/CM67/3/Marageh
9
61
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/5/Zarjau/4/Rhn 05/3/Apm/HC1905//Robu
10
83
Iran_11_INC
Pamir-168/GaraArpa
11
67
Iran_11_INC
Sadik-06/GkOmega
12
80
Iran_11_INC
K-334/Sararood-1
13
47
Iran_11_INC
ChiCm/An57//Albert/3/ICB-102379/4/GkOmega/5/Moroc-9-73/ArabiAswad
14
49
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
15
76
Iran_11_INC
3896/1-3/4/1246/1-3/3/3887/28//3892/1-3
/5/Grivita/6/Antares/Ky63-1294//Marageh
16
73
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Antares/Ky63-1294/3/CWB117-77-9-7//Hml-02/ArabiAbiad*2
17
86
WPARE10
Bolgali/3/Alpha/Durra//CWB117-77-9-7
18
87
WPARE10
Bolgali//Sls/Bda
19
45
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/4/CWB117-5-9-5/3/Roho/Mazurka//ICB-103020
20
46
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/4/CWB117-5-9-5/3/Roho/Mazurka//ICB-103020
21
17
IBYT11_INC
Clipper/Volla/3/Arr/Esp//Alger/Ceres362-1-1/4/Hml/5/Limon/Bichy2000
22
68
Iran_11_INC
Sadik-06/3/Lignee131/ArabiAbiad//Alpha/Durra
23
10
IBYT11_INC
Clipper/Giza127
ادامه جدول 3- 3
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
24
24
Iran_11_INC
Roho/Mazurka//ICB-103020/3/GkOmega/4/Sararood*2
25
75
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Antares/Ky63-1294/3/CWB117-77-9-7//Hml-02/ArabiAbiad*2
26
71
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita
27
63
Iran_11_INC
Sadik-05//Sls/Bda
28
64
Iran_11_INC
Sadik-05//Sls/Bda
29
78
Iran_11_INC
K-334/Sararood-1
30
18
Plot-98-41 Sel,64AP-1AP-0AP-3AP-0AP-11AP-0AP
Moroc-9-73/A.Aswad
31
43
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir-010/Sahara-3768
32
79
Iran_11_INC
K-334/Sararood-1
33
51
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
34
77
Iran_11_INC
ICB-102893/3/Alpha//Sul/Nacta/4/Alpha/Durra//ICB-102854
35
44
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/CWB117-77-9-7//Alpha/Durra
36
70
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita
37
35
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
38
21
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
39
22
Iran_11_INC
YEA389-3/YEA475-4/4/Hma-02//11012-2/CM67/3/Marageh
40
19
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
41
20
Iran_11_INC
ICB-103351/Arta/3/Alpha/Durra//Antares/Ky63-1294
42
58
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
43
71
Iran_11_INC
Sadik-06/3/YEA1819/YEA195-4//Grivita
44
8
INBYT11_INC
Aths/Lignee686//Orge905/Cr289-53-2/3/F6NB_7
45
4
Salinity_Libya10
Misratch
46
84
WPARE10
Tokak
ادامه جدول 3- 3
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
47
66
Iran_11_INC
Sadik-06/GkOmega
48
3
Salinity_Libya10
ICB_123833
49
42
Iran_11_INC
BKFMaguelone1604/Lignee640//Grivita/3/Pamir-010/Sahara-3768
50
82
Iran_11_INC
Rhn-03/Osiris
51
16
IBYT11_INC
oho/ArabiAbiad/4/Zanbaka/3/ER/Apm//Lignee131
52
90
WPARE10
Gloria-Bar/Come-B//Esperanza/3/Mpyt169-1Y/Laurel//Olmo/4/Shyri
گروه اصلی دوم شامل 23 ژنوتیپ جدید همراه با 56 ژنوتیپ گروه اصلی قبلی میباشد. در این گروه اصلی نیز فقط 3 ژنوتیپ جدید دارای منشأ خارجی بوده و 20 ژنوتیپ دیگر ایرانی هستند. خصوصیات ژنوتیپهای شاخه اصلی دوم درخت فیلوژنی ژن HKT1 در جدول 3- 4 آمده است.
جدول 3- 4 مشخصات ژنوتیپهای شاخه اصلی دوم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
1
31
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
2
38
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Alpha/Durra/3/Tokak
3
15
IBYT11_INC
SLB39-05/4/7028/2759/3/69-82//Ds/Apro
4
40
Iran_11_INC
95Ab2299/Alanda
5
26
Iran_11_INC
Roho/Mazurka//ICB103020/3/GkOmega/4/Sararood*2
6
32
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Pamir-160/3/Tokak
7
1
Salinity_Libya10
ICB_116132
8
30
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
9
29
Iran_11_INC
Alpha/Durra//Lignee131/ArabiAbiad/3/Sararood*2
10
85
WPARE10
Uzno-Kazakastan
11
36
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
12
89
WPARE10
Ardak/3/Alpha/Durra//CWB117-77-9-7
ادامه جدول 3- 4
ردیف
شماره ژنوتیپ
منشأ
شجره
13
34
Iran_11_INC
Skorohod/Tirchmir-22//Aday-7
14
56
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
15
57
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
16
52
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
17
54
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
18
55
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
19
53
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/3/Yesevi-93
20
27
Iran_11_INC
Roho/Mazurka//ICB-103020/3/GkOmega/4/Sararood*2
21
28
Iran_11_INC
CWB117-5-9-5/Sonata//Sararood/3/Aday-5
22
59
Iran_11_INC
Zarjau/80-5151//Skorohod/4/CWB117-9-7/3/Roho//Alger/Ceres362-1-1
23
37
Iran_11_INC
CWB117-77-9-7//Alpha/Durra/3/Tokak
شاخههای اصلی سوم، چهارم، پنجم وششم هر یک با اضافه شدن فقط یک ژنوتیپ به گروه اصلی ماقبل خود یک گروه اصلی جدید را تشکیل دادهاند. این ژنوتیپهای اضافه شده به ترتیب ژنوتیپهای شماره 9، 13، 69 و 39 بودهاند. مشخصات این ژنوتیپها در جدول 3-5 ارائه شده است.
جدول 3- 5 مشخصات ژنوتیپهای شاخههای اصلی سوم، چهارم، پنجم وششم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
ردیف
شماره

مطلب مرتبط با این موضوع :  پایان نامه ارشد دربارهکلسترول تام، تحت درمان

دیدگاهتان را بنویسید